安政６年(１，８５９)横浜開港当時、アメリカ人宣教師の宿舎になった場所で、本堂にすんだのが ローマ字で有名なアメリカ人のヘボン医師であった。境内にはヘボンの真新しい記念碑が建てられて いる。
横浜開港当時にはフランス領事館に使われていた。また、浦島寺とよばれた観福寿寺があったが、 慶応４年（1,868)に焼失し慶運寺と合併したことから浦島太郎伝説にまつわる観音像などの遺品が 伝わっている。
日本政府は開港に備えて神奈川地域内の寺院を借り、そこで外交事務を行なっていた。浄瀧寺には イギリス領事館が置かれていた。
開港当時、アメリカ人宣教師で医師であったヘボン博士がここに診療所を開設した。境内にはお 天気井戸と呼ばれる井戸がある。
